Džamiju u Lizopercima je 1530. godine sagradio Pozder-efendija ili Pozder- beg, koji je i utemeljio naselje Lizoperci, a džamija u Lizopercima je uvrštena na Spisak nacionalnih spomenika Bosne i Hercegovine.
Godine 1925. džamija je usljed dotrajalosti obnovljena i tom prilikom je drvena munara zamijenjena novom od kamena – sedre. Mekteb, koji se nalazi neposredno uz džamiju, podignut je 1935. godine. Poslije Drugog svjetskog rata u mektebu je bila smještena područna Osnovna škola, koja je radila vrlo kratko. U ovoj zgradi se nakon toga nastavila održavati mektebska pouka, a služila je i za ostale potrebe Islamske zajednice.
Tokom II Svjetskog rata, džamija je bila oštećena, pa je ponovno obnovljena 1961. godine. Prilikom te obnove, na munari je izvršeno dodatno ojačavanje čeličnom žicom i malterisanje. Tom prilikom su i originalne kamene stepenice dijelom zamijenjene betonskim, a kameni krovni pokrivač zamijenjen crijepom. U Posljednjoj oružanoj agresiji na Republiku Bosnu i Hercegovinu pripadnici HVO-a su sa Pisvira 1993. godine munaru tenkovskim projektilima porušili do ispod šerefe, a krov džamije je znatno oštećen. Džamija je obnovljena, a njeno proklanjavanje je bilo 22. jula 2017. godine.
Autor: Nezim Halilović Muderris, Facebook